Punavuori kohoaa vanhoissa kartoissa nykyistä Kankurinkatua ympäröivien korttelien vaiheilla. Kallioperä on parhaiten näkyvissä tässä noin 20 metriä nykyisen merenpinnan yläpuolella. Se nousi luotona esiin Litorinamerestä 5000 vuotta sitten. Paikannimi viittaa kiviainekseen, joka on punagraniittia. Kivilaji on syntynyt syvällä maankuoressa suoraan magmasta hitaasti kiteytymällä ja siksi sen mineraalirakeet ovat ehtineet kasvaa paljain silmin erottuviksi. Punavuorenkin graniitti on ollut mukana svekofennisessä vuorijonopoimutuksessa noin 1900–1800 miljoonaa vuotta sitten. Mannerlaattojen törmäyksen synnyttämät, parhaimmillaan muutaman kilometrin korkuiset vuoret ovat jo kadonneet rapautumisen ja useiden jääkausien kuluttamina.
Punavuoren hyvälaatuinen peruskallio kätkee uumeniinsa yleisen väestönsuojan erilaisten poikkeusolojen tilanteita varten.
.
www.geologia.fi/index.php/2011-12-21-12-30-30/2011-12-21-12-40-22/magmakivien-luokittelu